Sekretariat Badan Penelitian dan Pengembangan Energi dan Sumber Daya Mineral terdiri atas:
a. Bagian Rencana dan Laporan;
b. Bagian Kepegawaian;
c. Bagian Keuangan;
d. Bagian Umum; dan
e. Kelompok Jabatan Fungsional.

Tugas:
- Melaksanakan koordinasi pelaksanaan tugas dan penyusunan kebijakan teknis, pembinaan dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unit di lingkungan Badan Penelitian dan Pengembangan Energi dan Sumber Daya Mineral.

Fungsi:
- Koordinasi pelaksanaan kegiatan penyusunan kebijakan teknis Badan Penelitian dan Pengembangan Energi dan Sumber Daya Mineral;
- Koordinasi dan penyusunan rencana, program dan anggaran, kerja sama, laporan, akuntabilitas dan evaluasi kinerja, pengelolaan sistem informasi serta pengelolaan pengetahuan dan inovasi;
- Pengelolaan administrasi kepegawaian, jabatan fungsional, penataan organisasi dan tata laksana, serta kinerja pegawai;
- Pengelolaan administrasi perbendaharaan, barang milik negara, serta akuntansi dan pertanggungjawaban keuangan; dan
- Pengelolaan urusan ketatausahaan, hukum dan hubungan masyarakat, perlengkapan dan rumah tangga, kearsipan dan dokumentasi, serta hak kekayaan intelektual.